在推动跨境电子商务快速成长的同时，杭州海关还注重防控风险，帮助电商企业规范发展。支持“单一窗口”平台建设，推动实现跨境电子商务领域的信息互换、监管互认和执法互助；坚持“守法便利、违法严惩”原则，鼓励企业自律经营，对管理规范的诚实守信企业优先办理通关手续；实行“圈区管理”，对跨境电子商务进出境货物、物品实施集中式监管；实施“网上巡查”，对电商虚假宣传等行为及时予以纠正。
在包括海关在内的政府部门的推动下，杭州综试区创造了多项“全国第一”：最早使用跨境电子商务零售出口“清单核放、汇总申报”通关模式（目前该模式经国务院确认已经成为跨境电子商务零售出口的全国标准通关模式）；最早开展跨境电子商务零售出口业务试点；最早开展跨境电子商务直购进口业务试点；最早开展跨境电子商务B2B出口业务试点；最早将“单一窗口”、关检合作“三个一”、“三互”要求应用于跨境电子商务监管；最早形成契合跨境电子商务发展的完整监管方案（《中国（杭州）跨境电子商务综合试验区海关监管方案》）；最早实现跨境电子商务进出境货物、物品“7×24小时”通关。
下一步，杭州海关将继续大力支持综试区建设，积极推进跨境电子商务B2B业务，配合地方政府研究制定B2B业务标准，优化和改进跨境电子商务进出境货物通关流程；支持综试区“单一窗口”建设，加大与国检、外管、国税等管理部门的管理协作；继续加大科技投入，提升跨境电子商务信息化管理水平，扎实推进跨境电子商务健康发展。