鉴定结论是海关执法的依据
近年来，随着海关化验制度的逐步发展和完善，海关化验机构的鉴定结论被越来越广泛地适用于海关行政和刑事执法工作，并成为海关实施相关执法行为的重要依据。鉴此，《办法》在原规定第四条“化验中心和经海关认可的其他化验部门的技术鉴定结论是海关行政决定的证据”基础上，进一步明确了海关鉴定结论的法律效力，规定“鉴定结论是海关执法的依据”。
实践中除海关鉴定结论外，还会存在其他化验机构给同一批进出口货物出具化验结果或者鉴定结论的情形，当两者不一致时，《办法》明确了海关化验结果和鉴定结论的主导及排他地位，规定“其他化验机构做出的化验结果和鉴定结论与海关化验中心或者委托化验机构不一致的，以海关化验中心或者委托化验机构的化验结果和鉴定结论为准”。
同一样品只能提出一次复验申请
海关化验复验是进出口货物收发货人及其代理人越来越关心的问题，但原规定对此并未予以明确，更没有设置复验程序，行政相对人对化验鉴定结论没有主张复核的渠道，不利于保障其合法权益。
为进一步完善海关化验程序，维护行政相对人的合法权益，保证海关化验结果和鉴定结论的准确性，《办法》中补充了复验的实体性和程序性内容，对进出口货物收发货人及其代理人以及送验海关的复验权利和复验程序做出了明确规定。
同时，为了避免复验权利被滥用，造成行政资源不必要的浪费，《办法》对复验权利的行使做出了必要限制，规定“收发货人或者其代理人、送验海关对同一样品只能提出一次复验申请”。
