（三）调整、完善了依申请保护制度，强化了其被动保护的特征（见第十六条、第十八条等）。
《实施办法》第十六条取消了权利人在海关扣留货物前可以查看货物和撤回申请的规定。有关修订主要是基于以下考虑：首先，知识产权权利人向海关申请扣留侵权嫌疑货物，应当事先对有关货物的侵权状况有所了解；其次，如果允许知识产权权利人在海关中止货物通关后再对货物的侵权状况进行确认和撤销申请，可能造成知识产权权利人滥用申请权而无需承担赔偿责任的情况；最后，《实施办法》也充分保障了权利人的有关权利，例如第十七条第二款规定权利人可以在海关扣留货物后查看货物，第十八条规定权利人可以向海关申请在法定期限内提前解除对货物的扣留。
此外，第十八条明确要求知识产权权利人针对海关扣留的货物向人民法院申请采取责令停止侵权行为或者财产保全的措施时要将司法扣押列入请求事项。
（四）关于启动依职权保护的条件（见第二十一条）。
为减少海关中止放行货物造成合法货物通关被延误的情况，第二十一条规定了海关可以要求收发货人在规定期限内申报货物的知识产权状况，海关中止放行货物应当以收发货人未在规定期限内申报货物的知识产权状况和提交有关文件或者海关有理由认为货物涉嫌侵犯在海关总署备案的知识产权为前提条件。
（五）关于知识产权权利人与收发货人和解后的处理（见第二十七条）。
鉴于知识产权的性质属于私权，海关查处侵权案件应当尽可能考虑知识产权权利人的意愿，鼓励当事人通过协商解决侵权纠纷，同时节约海关的执法成本。为此，《实施办法》增加了权利人与收发货人就海关扣留的侵权嫌疑货物达成协议后海关可以终止调查的规定。
（六）关于当事人放弃涉嫌侵权物品的规定（见第三十一条）。
根据海关旅检、邮递监管现场的实际情况，为提高海关的执法效率，简化有关程序，加强在旅检、邮递渠道保护知识产权的力度，第三十一条设置了进出境旅客或者进出境邮件的收寄件人放弃涉嫌侵权物品的规定。
（七）关于在当事人无法查清时收缴侵权货物或物品的规定（见第三十二条）。
考虑到在当事人无法查清时，海关要作出没收侵权货物或物品的行政处罚的难度较大，为解决案件办理的实际问题，切实打击有关侵权行为，第三十二条规定了进出口货物或者进出境物品经海关调查认定侵犯知识产权，应当由海关予以没收，但当事人无法查清的，自海关制发有关公告之日起满3个月后可由海关予以收缴。
（八）关于海关向知识产权权利人送达部分书面通知的方式（见第四十条）。
