《方案》强调要坚持市场导向、问题导向、法治导向和效能导向，提出推进海关特殊监管区域类型、功能、政策和管理四方面整合，实现产业结构、业务形态、贸易方式和监管服务四方面优化。

　　（一）四个整合。

　　1．整合类型。根据不同时期发展需要，我国先后设立了6种类型的海关特殊监管区域。《方案》提出要将符合条件的海关特殊监管区域逐步整合为综合保税区，对新设海关特殊监管区域统一命名为综合保税区。海关特殊监管区域的整合原则上不突破现有规划面积，对不具备条件的海关特殊监管区域不予整合。

　　2．整合功能。目前，海关特殊监管区域以开展保税加工和保税物流业务为主，与制造业相关联的研发、销售、结算、维修等生产性服务业发展还不充分，跨境电子商务、融资租赁、期货保税交割等“保税+”新模式、新业态规模还不大。《方案》提出通过逐步整合保税功能，使其具有服务外向型经济发展和改革开放，连接国际国内两个市场、支持企业创新发展、满足产业多元化需求、发挥集约用地和要素集聚辐射带动作用等基本功能。

　　3．整合政策。现有海关特殊监管区域政策与“两头在外”、“加工制造”为主的功能定位相配套，对我国制造业发展和扩大对外贸易发挥了积极作用。随着国际国内市场深度融合，区内企业利用国际国内两个市场、两种资源的需求愈发迫切，亟待创新发展定位。《方案》提出要“规范、完善税收政策”，以适应新形势下海关特殊监管区域“外向为主、兼顾两个市场”的功能定位，实现以国际市场为主的“单向阀门”向国际国内两个市场的“双向阀门”转变。

　　4．整合管理。海关特殊监管区域的管理涉及多个部门，需要各部门加强协作配合。为此，《方案》提出通过 “加快完善管理部门间的合作机制，实现相关管理部门信息互换、监管互认、执法互助（以下称‘三互’）”、“加强事中事后监管”、“简化整合、新设海关特殊监管区域的审核和验收程序”等措施，统一监管模式，整合管理资源，实现由事前审批向事中事后监管转变，真正做到既放得开又管得住，有效防范风险。

　　（二）四个优化。

　　1．优化产业结构。为进一步优化海关特殊监管区域产业结构，《方案》提出要“鼓励辐射带动能力强的大型项目入区发展”、“促进与制造业相关联的销售、结算、物流、检测、维修和研发等生产性服务业有序发展”、“积极推进内销选择性征收关税政策先行先试”等举措。其中，“选择性征收关税”是指区内生产的货物在国内销售时，企业可自主选择按对应进口料件或货物出区实际状态缴纳关税。该项政策有助于区内企业有效对接国内市场，优化产业结构，鼓励加工贸易向海关特殊监管区域集中。目前，该举措已在横琴新区、平潭综合实验区和自由贸易试验区海关特殊监管区域试点。