企业的违规事项如果确实发生则是事实存在，如果海关有意追究，总能找到蛛丝马迹。因此如果企业自查发现了相关问题，而且弥补起来已不可能，则可以考虑在海关发现之前主动告知海关，并在告知的同时向海关说明整改措施，并及时报告整改措施的实施情况。此举将可能帮助企业最大限度的降低行政或刑事处罚风险。
七、注重海关稽查过程中的企业权利
稽查过程中，企业具有申请稽查关员回避权、要求海关保守商业秘密权、对海关不符合法定程序和法律授权范围内的要求和行为的拒绝权、行政复议权，对因海关的不当行为造成损失的国家赔偿请求权。
除上述权利外，还有一项重要企业权利是对海关出具的《稽查征求意见书》提出意见的权利。海关稽查工作结束后，将向企业发送书面的《稽查征求意见书》，内容包括稽查范围、稽查认定事实、要求被稽查人反馈意见的时限等内容，但通常不会有处理意见。虽然意见书本身只描述事实，不做出处理，但是海关最终的处理结果必须在已告知企业的事实基础上做出。因此，企业应对意见书的内容做出谨慎分析，如果事实描述有误，企业务必应在收到意见书7日内提出书面意见；如果事实描述无误，则应通过分析意见书的用语预测未来海关处理意见，在必要时做出应对。
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